Fysioterapi blev grundlagt af svenske Per Henrik Ling i starten af 1800-tallet, som fandt at kombinationen af massage og gymnastik havde en positiv effekt på sygdomme. Per Henrik Ling udviklede, på baggrund af sine observationer, uddannelsen ”sjukgymnast” eller sygegymnastik og blev optaget i den svenske lægeforening, hvilket var en anerkendelse af Sjukgymnast som profession i det svenske sundhedssystem.
Behandlingsformen blev i løbet af 1900-tallet udbredt til store dele af verden, herunder også Danmark. I Danmark mødte behandlingsformen i starten modstand fra den daværende lægestand, men i 1918 blev foreningen ”Den Almindelige Danske Massageforening” dannet med læge Erik Faber i spidsen. Allerede et år efter havde 456 af de 700 masseuser og sygegymnaster meldt sig ind i foreningen. Med tiden blev massage og sygegymnastikken mere og mere anvendt og accepteret på sygehuse, sanatorier og kursteder. I 1951 blev navnet fysioterapi vedtaget som beskyttet titel og i 1953 skiftede foreningen Den Almindelige Danske Massageforening navn til Danske Fysioterapeuter. Hvis man ser på fysioterapeuternes logo, kan man stadig se forbindelse til massagen, idet det afbillede symbol består af skeer også kaldet Sigler. Siglen blev i oldtiden blev anvendt til at skabe friktioner under massagen og efterfølgende til at skrabe overskydende olie/fedt af kroppen. Ændringen fra massøse og sygegymnast til fysioterapi var en konsekvens af at de faglige kompetencer udviklede sig. At udøvere af denne profession kunne mere end blot give almindelig massage fandt man blandt andet ud af under polioepidemien i 1952, hvor man udviklede en speciel lungemassage til polioramte børn. De nye tilegnede kompetencer har medført at fysioterapeutens opgaver i sundhedsvæsnet i dag spænder mere vidt. Der anvendes i dag utal af forskellige behandlingsmetoder i fysioterapien, i form af manuel behandling, øvelsesterapi, rideterapi og anvendelse af forskellige apparaturer. Som eksempel på nogle manuelle fysioterapeutiske metoder eller koncepter kan nævnes: Kaltenborns ledmobilisering, Mulligan som er inspireret af Kaltenborn, Myfasical release teknik, muskel energi teknik, som er lånt fra osteopatien, og mange flere. Ved brug af den manuelle fysioterapi kan patienten både være aktivt deltagende eller helt passiv. Øvelsesterapi er et andet hyppigt anvendt behandlingstiltag. Koncepter som Mckenzie er et glimrende eksempel på en terapiform, hvor patienten selv udfører behandlingen under kyndig vejledning. Et andet eksempel er øvelsesterapi Bobath konceptet, som anvendes i rehabilitering af patienter med hjerneskader. Dog er dette koncept under pres af constraint movement theraphy, der er en bedre videnskabeligt dokumenteret behandling til denne patientgruppe. Rideterapien er desuden et hyppigt anvendt behandlingstilbud til hjerneskadepatienter. Ofte anvendes manuel behandling og øvelsesterapi sammen. Apparaturer som ultralyd og laser er ligeledes brugt indenfor fysioterapien og har til formål at tilføre det skadede væv energi og øge helingsprocessen. TENS eller Transcutan eletrisk nerve stimulation bruges smertelindrende og til stimulation og aktivering af muskulaturen. Chockbølge-apparatet er et af de nyeste maskinelle terapeutiske tiltag. Her nedbrydes det syge eller skadede væv, så nyt velfungerende væv kan dannes. Denne terapiform er hyppigt anvendt ved tendinopati, der ses efter inflammatoriske tilstande som tennis- og golfalbuer med mere.
Den nyeste trend indenfor fysioterapien er akademiseringen af faget, og i dag læser mange videre efter den professionsbachelor, som opnås på en almindelige fysioterapiuddannelse. På syddansk universitet og Aalborg universitet kan man i dag få en kandidatgrad og Ph.d.-grad i fysioterapi. Faget har i dag stort fokus på dokumentation af videnskabelig effekt af de metoder, der anvendes i den fysioterapeutiske behandling. Det har betydet, at øvelsesterapien i dag vinder mere og mere frem og den manuelle terapi bliver mindre og mindre, da det er svært at lave gode studier på netop denne terapiform.